История ГАУГН началась в 1990-х гг., когда возникла идея создания отдельного университета при РАН, который бы смог частично восполнить недостаток гуманитарного знания в современном российском обществе.

Российская академия наук помимо научной деятельности всегда занималась образовательными проектами. На протяжении своей долгой истории РАН содействовала созданию многих блестящих учебных заведений: Санкт-Петербургский университет, университеты в Казани, Дерпте, Морская академия, Шляхетский корпус, Корпус горных инженеров, Варшавский университет (1816 г.). Особые отношения складывались у Академии наук и Московского университета.

В начале 1990-х гг. возникла идея создания отдельного университета при РАН, который бы смог частично восполнить недостаток гуманитарного знания в современном российском обществе. Таким образовательным учреждением в 1992 году стал Российский центр гуманитарного образования (РЦГО), большой вклад в создание которого внесли ряд выдающихся ученых России, включая академиков А. О. Чубарьяна (его будущий ректор), В. Л. Макарова, А. А. Гусейнова, В. С. Степина и др.

«Регламент академический таким … быть должен, дабы Академия не только сама себя учеными людьми могла довольствовать, но и размножать оных и распространять по всему государству…» (М. Ломоносов)

А. О. Чубарьян	В. Л. Макаров	А. А. Гусейнов	В. С. Степин

Важно отметить, что не предполагалось создавать сугубо гуманитарный вуз. Первоначальная идея предполагала создание университета, охватывающего все области знаний Академии наук, тем самым создатели РЦГО предполагали видеть в структуре университета и факультеты точных наук. Название тоже предполагалось другим — Университет Российской академии наук (УРАН). Из-за возникших трудностей различного характера эта концепция не была осуществлена.
Президентом ГАУГН является академик РАН, научный руководитель Института всеобщей истории А. О. Чубарьян, а ректором — Д. В. Фомин-Нилов.	Менее чем через два года, 24 февраля 1994 года, РЦГО получает статус государственного образовательного учреждения высшего профессионального образования (Университета). С этого момента начинается активное развитие нового высшего учебного заведения России. Новые факультеты открываются ежегодно, в основном, по инициативе директоров академических институтов, на базе которых создаются эти факультеты.
	21 августа 1998 года Центр был преобразован в Государственный университет гуманитарных наук (ГУГН), а спустя 10 лет университету был добавлен академический статус, и он был переименован в «Государственный академический университет гуманитарных наук». В настоящее время Президентом ГАУГН является академик РАН, научный руководитель Института всеобщей истории А. О. Чубарьян, а ректором  кандидат исторических наук Д. В. Фомин-Нилов.